Un articolo pubblicato sulla rivista “Molecular Cell” riporta la ricostruzione del ripiegamento di un frammento di RNA, con la conseguente creazione di video del processo. Un team di ricercatori guidati da Julius Lucks della Northwestern University di Evanston, nell’Illinois, negli USA, ha applicato un metodo che ha chiamato Reconstructing RNA Dynamics from Data (R2D2) per ottenere i dettagli dei movimenti dell’RNA. Nello specifico, è stato ricostruito il ripiegamento della sequenza chiamata particella di riconoscimento del segnale (in inglese signal recognition particle, SRP) di un batterio della famiglia Escherichia coli. Capire i processi di funzionamento dell’RNA è fondamentale per migliorare conoscenze biologiche e mediche.
L’RNA è fondamentale per la vita sulla Terra perché è coinvolto in vari processi biologici di codifica, decodifica, regolazione ed espressione dei geni, che sono invece composti di DNA. Per questo motivo, studiare i processi dell’RNA è indispensabile per capire le forme di vita. Questo tipo di ricerca serve anche a livello medico pensando anche ai retrovirus fatti di RNA come i coronavirus.
Il professor Julius Lucks è uno specialista nelle ricerche genetiche che ha partecipato a vari studi connessi all’RNA. Recentemente, ha partecipato anche a una ricerca su un test rapido per la Covid-19 proprio perché il virus SARS-CoV-2 è fatto di RNA. Lucks ha spiegato che il ripiegamento dell’RNA è un processo dinamico che è fondamentale per la vita e in questo studio lui e i suoi colleghi sono riusciti a ricostruire fedelmente questo processo in una sequenza di RNA.
Già in passato altri ricercatori erano riusciti a creare video del ripiegamento dell’RNA ma i modelli informatici riguardanti questo processo erano ancora approssimativi e basati su assunti. Julius Lucks e i suoi colleghi hanno creato un metodo che hanno chiamato Reconstructing RNA Dynamics from Data (R2D2) per riprodurre fedelmente questo processo che avviene in continuazione durante i vari processi biologici in cui è coinvolto l’RNA. Questo metodo cattura i dati riguardanti il ripiegamento dell’RNA mentre esso viene generato. Questi dati vengono registrati, permettendo di vedere dove l’RNA si ripiega e cosa succede in seguito.
I dati del processo di ripiegamento dell’RNA inseriti in un modello informatico hanno permesso di creare un filmato che lo riproduce. La particella di riconoscimento del segnale usata in questo studio è una sequenza di RNA trovata in tutti i rami delle forme di vita terrestri perciò è ben conosciuta, ma è la prima volta che i dettagli del suo ripiegamento sono stati visti.
Questo tipo di studio è complesso e i ricercatori hanno dichiarato che il metodo R2D2 ha alcune limitazioni. Nella prossima fase cercheranno di migliorarlo per fare un altro passo avanti nella comprensione dei meccanismi di funzionamento dell’RNA.
Un video che riproduce il ripiegamento della particella di riconoscimento del segnale di RNA.
