Jonathan Scott Frakes è nato il 19 agosto 1952 a Bellefonte, in Pennsylvania.

Jonathan Frakes iniziò a studiare psicologia ma successivamente capì che gli piaceva recitare perciò decise di cambiare facoltà per conseguire una laurea bachelor in arti teatrali alla Penn State University nel 1974 e un master a Harvard nel 1976. Trasferitosi a New York, recitò a teatro, anche a Broadway, ed ebbe le prime parti in televisione. Successivamente, si trasferì a Los Angelese, dove recitò in parecchie produzioni televisive.

Nel 1987, Jonathan Frakes cominciò a interpretare quello che è il ruolo più celebre ma anche più importante della sua carriera, quello di William Riker nella serie “Star Trek: The Next Generation”. Durante le sette stagioni della serie, Frakes cominciò anche a fare il regista per un totale di otto episodi.

Dopo la fine di “Star Trek: The Next Generation”, Jonathan Frakes interpretò ancora William Riker nei film “Star Trek: Generazioni” (“Star Trek Generations”) nel 1994, “Star Trek: Primo Contatto” (“Star Trek: First Contact”) nel 1996, “Star Trek: L’insurrezione” (“Star Trek: Insurrection”) nel 1998 e “Star Trek: La nemesi” (“Star Trek: Nemesis”) nel 2002. Dei primi due film è stato anche regista, guadagnandosi il soprannome “Two-Takes Frakes” per la sua efficienza. In seguito a quell’esperienza, ha creato la compagnia di produzione “Goepp Circle Productions”.

Il collegamento di Jonathan Frakes con la saga di Star Trek si è allargato con alcune apparizioni nelle serie “Star Trek: Deep Space Nine”, in cui ha interpretato Thomas Riker, “Star Trek: Voyager”, nelle quali ha anche diretto alcuni episodi, e “Star Trek: Enterprise”.

Nel 1996, Jonathan Frakes ha pubblicato il romanzo di fantascienza “The Abductors: Conspiracy”.

La carriera di Jonathan Frakes è andata avanti sia come attore che come regista partecipando a parecchie altre produzioni televisive, lavorando a volte come doppiatore in serie a cartoni animati. Nella serie “Roswell”, oltre ad apparire nel ruolo di se stesso e a dirigere alcuni episodi, è stato per un certo periodo produttore esecutivo.

Nella sua vita privata, Jonathan Frakes è sposato con l’attrice Genie Francis dal 1988. Insieme hanno avuto due figli, Elizabeth e Jameson. Dalla fine del 2005, la famiglia vive nel Maine, dove Frakes insegna regia al Rockport College.