Software

Illustrazione del flusso di operazioni di SeqScreen (A) e del framework dell'addestramento tramite apprendimento automatico (B)

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Un articolo pubblicato sulla rivista “Genome Biology” riporta i risultati di test condotti con SeqScreen, un software libero / open source sviluppato per riconoscere sequenze genetiche esistenti in microrganismi patogeni. Un team di ricercatori guidato dall’informatico Todd Treangen della Rice University e dalla specialista in genomica Krista Ternus della società di consulenze scientifiche Signature Science, LLC ha sviluppato SeqScreen per analizzare le caratteristiche di brevi sequenze di DNA chiamate spesso oligonucleotidi e migliorare le tecniche di riconoscimento di sequenze presenti in un campione che sono almeno potenzialmente pericolose.

Alcuni armadi del supercomputer Frontier (Foto cortesia Carlos Jones/ORNL, U.S. Dept. of Energy)

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Il supercomputer americano Frontier è stato incoronato nuovo re della classifica Top 500. Ha una velocità che è più del doppio di quella del giapponese Fugaku, il precedente re. Si tratta del primo supercomputer exascale, cioè capace di superare la capacità di calcolo di 1 exaflop, pari a 10^18 operazioni in virgola mobile, al secondo. Frontier raggiunge 1,102 exaflop al secondo.

Hock E. Tan (Foto cortesia Broadcom)

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Il colosso dei semiconduttori Broadcom Inc. ha annunciato di aver raggiunto un accordo per acquistare il produttore di software per virtualizzazione e cloud VMware in un affare del valore complessivo di circa 61 miliardi di dollari che verranno pagati in parte in contanti e in parte in azioni. Broadcom si accolla i debiti di VMware, che ammontano a circa 8 miliardi di dollari. Broadcom Software Group, la sussidiaria che già si occupa di software, verrà integrata in VMware. Con quest’acquisizione, Broadcom potrà estendere la sua offerta di soluzioni aziendali.

Linus Torvalds nel 2014

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Il 25 agosto 1991, Linus Torvalds (foto ©Krd) annunciò con un messaggio sul newsgroup comp.os.minix il progetto di un nuovo sistema operativo che in realtà si distaccava notevolmente da Minix. Scontento della licenza di Minix, Torvalds adottò una licenza del progetto GNU, la GPL, che gli sembrava abbastanza libera. Dopo poche settimane venne rilasciato il primo kernel Linux. La disponibilità di vari componenti rilasciati dal progetto GNU e il contributo di parecchie persone che si unirono al progetto aiutarono a diffonderlo. A trent’anni di distanza, Linux viene usato praticamente da tutti in un modo o nell’altro, anche se solo una piccola minoranza se ne rende conto.

Uno schema di come il sistema chiamato genomatnn riconosce l'introgressione adattativa

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Un articolo pubblicato sulla rivista “eLife” riporta lo sviluppo di un approccio basato su reti neurali convoluzionali per individuare geni ereditati da altre specie come i Neanderthal che hanno portato effetti positivi. Un team di ricercatori guidato da Graham Gower dell’università danese di Copenhagen ha sviluppato questa tecnica di apprendimento profondo per esaminare genomi di umani moderni alla ricerca di esempi di quella che tecnicamente è chiamata introgressione, cioè di geni che un ibrido tra due specie ha portato nella specie di uno dei suoi genitori. Sono stati trovati vari possibili esempi, ad esempio nei Melanesiani sono stati trovati geni ereditati dai Denisova che influiscono su vari tratti metabolici e legati a malattie.