Una nuova vita per il supercomputer Ember

Il National Center for Supercomputing Applications (NCSA) ha donato all’Institute for Genomic Biology (IGB) dell’università dell’Illinois a Urbana-Champaign il supercomputer Ember. Finanziato in origine dalla National Science Foundation (NSF), verrà ora utilizzato per lavori di genomica e trascrittomica. Verrà gestito dal gruppo High-Performance Biological Computing (HPCBio), che si occupa delle infrastrutture per la bioinformatica.

Il supercomputer Ember era stato attivato nel 2010 per essere utilizzato in varie ricerche scientifiche, in particolari nei campi della chimica e della meccanica dei solidi e fluidi. È composto da sistemi SGI Altix UV con un totale di 1.536 core, 8 TeraByte di memoria suddivisi tra vari nodi e 170 TB di memoria di massa. Come il 90% abbondante dei supercomputer, utilizza una versione di Linux come sistema operativo.

Può non sembrare nulla di eccezionale rispetto ai supercomputer più potenti del mondo ma è stato stimato che oggi costerebbe comunque due milioni di dollari. L’IGB ha già un suo biocluster, un sistema informatico formato da parecchi nodi per portare avanti i propri lavori, tuttavia la potenza di calcolo era limitata. Per questo motivo, l’IGB utilizzava già il supercomputer Ember attraverso l’NCSA e quando questo supercomputer è stato dismesso dall’NCSA il 1 ottobre 2012 donarlo all’IGB è stata una mossa sensata.

In parole povere,la genomica è una branca della biologia molecolare basata sulla bioinformatica che si occupa dello studio del genoma e in particolare della sua struttura, contenuto, funzione ed evoluzione. La trascrittomica, o analisi di espressione genica, misura l’attività di migliaia di geni per creare un’immagine globale della funzione cellulare.

Con l’aggiunta del supercomputer Ember al biocluster dell’IGB, questo tipo di lavori potrà essere effettuato in maniera molto più efficiente, soprattutto grazie alla quantità di RAM dei suoi nodi, di 2 TB contro i 24 GB dei nodi che in precedenza formavano il biocluster. Le applicazioni di bioinformatica utilizzate per queste ricerche hanno bisogno di molta RAM perciò si tratta di un notevole passo in avanti.

Questa soluzione è un ottimo modo per “riciclare” un supercomputer. Solo poche settimane fa la storia del supercomputer Encanto aveva mostrato i rischi di spendere molti milioni di dollari in maniera avventata. Nel caso del supercomputer Ember invece il sistema è stato utilizzato in maniera ottimale e una volta terminato il compito originale è stato rapidamente trasferito in un altro posto dove potrà ancora essere utile per parecchio tempo.

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